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交通部长江航务管理局：1950年成立，1953年改为长江航运管理局，1964年改长江航运公司，1975年再次改为长江航运管理局，1984年前统一管理长江全线航政（海事）、航道、港口、航运、公安、通信等。1984年改长江航务管理局，航运企业分出成立长江轮船总公司，5个分局（重庆、武汉、芜湖、南京、上海）改为地区性轮船公司。
1、长江海事局：正局级行政单位，1966年组建长江航政管理局，1989年改长江港航监督局。各航政分局改为港航监督局，2000年改长江海事局。对外称“中华人民共和国长江区港务监督局”。负责水上交通安全监督。下设重庆、三峡（万州）、宜昌、荆州、岳阳、武汉、黄石、九江、安庆、芜湖海事局和长江引航中心、武汉海事职工中专学校。管辖干线通航水域2013.5公里（重庆江津九层岩至安徽芜湖驻马河口）。在职职工3000人。
2、长江航运公安局：正局级行政单位，下设泸州、重庆、万州、宜昌、荆州、岳阳、武汉、黄石、九江、安庆、芜湖、南京、镇江、苏州、南通、上海等16个分局。
3、长江航道局：正局级事业单位，下设长江泸州、重庆、宜昌、武汉、南京航道局，重庆、宜昌、武汉、南京航道工程局（疏浚工程公司），长江航道救助打捞局、长江航道规划设计研究院，武汉航道学校。
4、长江通信管理局：正局级事业单位，长航通信总站1984年改长江航务通信导航管理处。1992年更名为长江通信导航局。1999年所属的6个分局更名为局。2003年更名为长江通信管理局。现辖重庆、宜昌、武汉、芜湖、南京、上海6个直属局和重庆、涪陵、万县、宜昌、巴东、枝城、荆州、临利、黄石、邓家口、洪湖、城陵矶、芜湖、九江、安庆、池州、铜陵、南通、张家港等27个通信管理处。全局现有职工2000人。
5、长江三峡通航管理局：正局级事业单位。位于宜昌。管理的范围以葛洲坝船闸和三峡五级船闸为重点，辖段全长59公里。
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